El ente Rector de la pesca y acuicultura nace en el año de 1975 en la División de Fauna y Vida Silvestre de la Dirección de Recurso Hídrico y Advenamiento -DIRHIA- perteneciente a la Dirección General de Servicios Agrícolas -DIGESA-, hasta  que en el año 1981 es absorbida por la Dirección General de Servicios Pecuarios -DIGESEPE-, denominándose Dirección Técnica de Pesca y Acuicultura -DITEPESCA-.

En el año de 1998 como resultado de un esfuerzo del sector pesquero y acuícola con el apoyo del programa regional PRADEPESCA y producto de la reingeniería que realizo el MAGA  en todas sus dependencias, se transforma temporalmente en la Unidad Especial de Manejo de la Pesa y Acuicultura -UNEPA-.

El 30 de septiembre de 1999, a través del Acuerdo Gubernativo 746-99, se crea la Unidad de Manejo de la Pesca y Acuicultura -UNIPESCA-, posteriormente el 10 de enero del año 2000, mediante Acuerdo Ministerial numero 25, el Ministerio de Agricultura, Ganadería  y Alimentación emite el Reglamento Interno de esta Unidad en el que se regula entre otros aspectos el objetivo y sus atribuciones, desarrollando además, la organización interna de la UNIPESCA.

En febrero del año 2002 como producto del esfuerzo y a través de un proceso en el cual participaron representantes del sector pesquero y acuícola, ONG´s relacionadas con el sector, instituciones publicas cono el CONAP, Ministerio de Ambiente y Recursos Naturales y el Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación en su calidad de ente rector del sector y UNIPESCA se formula la Política para el Desarrollo de los Recursos Hidrobiológicos, como un instrumento que plantea entre sus objetivos específicos “fortalecer técnica y financieramente a la UNIPESCA, para la administración apropiada de los recursos hidrobiológicos”.  En dicha política se define como objetivo general  de la misma “establecer los lineamientos que permitan alcanzar el desarrollo sostenible y responsable de la pesca y acuicultura nacional”.

Así mismo, en el apartado correspondiente a las áreas de acción estratégica de la citada política, se incluye como actividad prioritaria el promover la formulación participativa y consensuada de una nueva ley de pesca y acuicultura, de modo de contar con un cuerpo normativo claro, viable y coherente con la realidad nacional y las normas internacionales vigentes.

El 2 de enero del año 2003 entro en vigencia la Ley General de Pesca y Acuicultura, contenida en el Decreto 80-2002 del Congreso de la Republica, cuerpo legal que en su articulo 12 asigna al Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación la calidad de ente rector de la política, la normativa y la planificación de la ordenación y promoción de la pesca y acuicultura y define a UNIPESCA en su articulo 8, numeral 46, como la autoridad competente para la administración de los recursos hidrobiológicos y aplicación de la citada ley, sus reglamentos y demás disposiciones acorde a sus objetivos y funciones.  Con fecha 25 de junio del año 2005, el Organismo Ejecutivo con el concurso del MAGA, emite el Acuerdo Gubernativo 223-2005 que contiene el Reglamento de la Ley General de Pesca y Acuicultura.

UNIPESCA como Ente Rector busca atender las necesidades para un manejo sostenible y responsable de los recursos hidrobiológicos, así como las recomendaciones del ámbito internacional como lo refleja el Código de Conducta para la Pesca Responsable por los miembros del consejo superior de la FAO y la Convención de las Naciones Unidas sobre los Derechos del Mar -CONVEMAR-, entre otros.