La Unidad de Coordinación de Proyectos, Cooperación Externa y Fideicomisos - UPCEF-, fue creada mediante el Acuerdo Gubernativo Número 278-98 de fecha 20 de mayo de 1998, modificado por el Acuerdo Gubernativo Número 746-99 de fecha 30 de septiembre de 1999, en el cual se emite el Reglamento Orgánico Interno del Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación, en cumplimiento de lo ordenado por el artículo 49 del Decreto Número 114-97 del Congreso de la República, Ley del Organismo Ejecutivo.

El Acuerdo Ministerial Número 27 de fecha 10 de enero de 2000 aprueba el Reglamento Interno de la Unidad de Coordinación de Proyectos, Cooperación Externa y Fideicomisos -UPCEF-, el cual norma la organización interna, objetivos y atribuciones de dicha unidad.

Es  la unidad del MAGA encargada de dirigir y orientar estratégica y técnicamente la gestión operativa de los proyectos y de la negociación  y contratación de recursos de la cooperación externa, para canalizarlos al desarrollo rural y a los productores agropecuarios del país.