La ejecución del PARPA está a cargo de la Unidad de Coordinación y Administración –UCA, quien a su vez depende la Unidad de Proyectos, Cooperación Externa y Fideicomisos –UPCEF y del Despacho Ministerial del MAGA.  Su responsabilidad principal es velar por el cumplimiento de las metas físicas y financieras del PARPA de acuerdo a la política vigente del Despacho Ministerial.

   A partir del año 2005, la UCA impulsa una planificación estratégica basada en la Ampliación temporal del PARPA 2005-2008 a través del seguimiento trimestral a los Planes Operativos Anuales -aprobados por la UPCEF y el BID-, con el propósito de darle seguimiento a las actividades de los componentes.

   La UCA es la responsable de la elaboración de los Informes Anuales de ejecución del pro­yecto, donde se incluye la ejecución física y financiera. En ese sentido, la UCA rinde los informes requeridos tanto por el Ministerio de Agricultura, Ganadería y Alimentación, como por el Banco Interamericano de Desarrollo -BID.

   A Junio 2007, la UCA aparte de velar por el cumplimiento de los indicadores físicos y financieros del PARPA está dirigiendo su esfuerzo hacia impulsar procesos que fomenten la sostenibilidad de las inversiones realizadas por los componentes.  Para el efecto se encuentra en fase de formulación y negociación la Propuesta de Ampliación temporal del PARPA por el período Marzo 2008 – Marzo 2010.